Logo Pondok Pesantren Al-Furqon Muhammadiyah Cibiuk mengandung makna mendalam yang mencerminkan identitas dan nilai-nilai inti pesantren. Warna biru tua pada teks mencerminkan ketenangan, kebijaksanaan, dan kedalaman ilmu, sementara lingkaran sebagai bentuk dasar logo melambangkan kesatuan dan kekekalan. Penggunaan warna kuning muda dan hijau dalam logo melambangkan optimisme, semangat, pertumbuhan, dan kesejahteraan. Lingkaran annulus di dalam logo menunjukkan kesinambungan dan kesempurnaan, dengan warna abu-abu yang mencerminkan kestabilan dan keteguhan serta warna kuning yang melambangkan optimisme dan kebahagiaan. Teks dalam logo menggarisbawahi identitas pesantren sebagai bagian dari jaringan sekolah Muhammadiyah dan lokasinya di Cibiuk, Garut. Adanya logo amal usaha Muhammadiyah dengan tulisan Arab “Muhammadiyah” di pusat logo menegaskan afiliasi pesantren dengan organisasi Muhammadiyah, mencerminkan komitmen pesantren terhadap nilai-nilai dan prinsip-prinsip Muhammadiyah dalam pendidikan dan pengembangan karakter santri. Secara keseluruhan, logo ini menggambarkan identitas, nilai, dan tujuan Pondok Pesantren Al-Furqon Muhammadiyah Cibiuk sebagai lembaga pendidikan Islam yang berkomitmen pada pengembangan ilmu, karakter, dan kesejahteraan santri.