Pada tahun 2000, Pondok Pesantren Al-Furqon MBS Cibiuk meluncurkan program Kelas Terpadu yang dipelopori oleh KH. Yanto Asyatibi, M.Pd. Program ini mengintegrasikan pelajaran agama dan umum dalam satu kurikulum, menghilangkan batasan antara keduanya untuk menciptakan pendekatan pendidikan yang holistik. Inisiatif ini menjadi cikal bakal lahirnya berbagai inovasi pendidikan, termasuk pengembangan Al-Furqon Muhammadiyah Boarding School (MBS) yang juga mengedepankan integrasi pelajaran agama dan umum dalam lingkungan boarding school (sekolah berasrama).
Program Kelas Terpadu telah membuktikan dampaknya dengan menghasilkan alumni yang tidak hanya sukses secara akademis tetapi juga berkontribusi signifikan dalam lingkungan pesantren. Alumni yang sukses dibidang pendidikan dan kepesantrenan diantaranya Ust. Dasam Samsudin, S.Pd.I. dan Ustadzah Marwah Nur Azizah, S.Pd.
Ust. Dasam Samsudin, sebagai alumni Kelas Terpadu, saat ini masih istiqomah mengajarkan dan menjaga tradisi kitab-kitab klasik warisan pendiri pondok pesantren di bawah bimbingan gurunya, Ust. Toni Ardi, S.Pd.I. Selain itu, beliau juga berkontribusi dalam bidang IT dengan mengembangkan media digital pesantren. Kemampuan Ust. Dasam dalam menggabungkan ilmu agama dengan pengetahuan teknologi menunjukkan Ini adalah contoh bagaimana program Kelas Terpadu berhasil menyatukan dua bidang ilmu dalam satu individu, memanfaatkan keterpaduan yang telah ditanamkan selama masa belajar.
Di sisi lain, Ust. Marwah Nur Azizah, S.Pd., juga merupakan alumni sukses dari Kelas Terpadu. Beliau mengajar matematika dan menjabat sebagai ketua kurikulum di pesantren, berperan penting dalam merancang kurikulum yang efektif dan integratif. Pengalaman Ust. Marwah sebagai santri Kelas Terpadu menjadikannya sangat cocok untuk menciptakan kurikulum yang harmonis dan relevan dalam konteks MBS. Hal ini juga membuktikan bahwa kelas terpadu berhasil mencetak santri yang memiliki kemampuan intelektual akademis.
Selain mereka, banyak alumni lainnya yang meraih kesuksesan di bidang-bidang yang mereka minati, seperti bisnis, perdagangan, kewirausahaan, dan profesi lainnya. Ini menunjukkan bahwa Kelas Terpadu tidak hanya memberikan dasar ilmu agama yang kuat tetapi juga membekali santri dengan pengetahuan umum yang diperlukan untuk sukses di berbagai sektor kehidupan. Dengan demikian, program ini efektif dalam mempersiapkan santri untuk berprestasi dan berkontribusi secara signifikan baik di lingkungan pesantren maupun di luar masyarakat.
Alumni Kelas Terpadu angkatan tahun 2000 secara umum tetap menjaga hubungan erat dengan pesantren, berpartisipasi aktif dalam acara-acara dan menyebarkan informasi tentang pesantren ke teman-teman serta masyarakat luas. Salah satu di antaranya adalah Fadli Furqon, yang dikenal karena kegemarannya menyebarkan informasi mengenai pesantren. Para alumni juga berusaha memberikan dukungan finansial kepada pesantren, terutama dari alumni yang telah mencapai kesuksesan.
Dari Kelas Terpadu menuju Muhammadiyah Boarding School (MBS), Pondok Pesantren Al-Furqon Cibiuk diharapkan dapat terus maju dan berkembang sesuai dengan tujuan yang telah ditetapkan. Semoga dengan penerapan kurikulum terpadu yang mengintegrasikan ilmu agama dan umum, pesantren ini mampu terus menghasilkan santri yang tidak hanya unggul dalam bidang keagamaan tetapi juga memiliki keterampilan dan pengetahuan yang memadai untuk menghadapi tantangan di berbagai sektor kehidupan.